1987년 2월 마천동 본당 박항오 마르티노 신부께서 문정동 지역에 성당 부지 641.1평을 확보하여, 1988년 5월 김수환 추기경님의 축성으로 마천동 성당 문정동 공소로 지정되었고, 이듬해인 1989년 10월에는 마천동 본당으로부터 811세대 2,254명이 분리되어 1989년 10월 13일 문정동 본당으로 승격되었다.

1989년 10월 27일 김충수 신부가 초대 주임신부로 오셔서, 1992년 9월 20일 성전 신축공사가 시작되고, 김충수 보니파시오 신부를 중심으로 전 신자들의 헌신적인 성전 신축 봉헌 운동과 기도로 불과 3년만인 1994년 10월 30일에는 김수환 추기경님을 모시고 성전봉헌식을 거행하였다.

1995년 9월 24일 김택암 베드로 신부가 제2대 주임신부로 부임하시어, 그동안 성전 신축 때문에 외적 성장에 매진했던 문정동 본당 공동체는 소공동체 활성화 및 복음화 운동 등 내적 성장에 힘을 기울이게 되었다.

2000년 9월 19일 김태선 빈첸시오 신부가 제3대 주임으로 부임하여 직접 신자들을 찾아가서 모든 영적 문제를 해소해 주려고 적극 노력하는 한편 마당 방수공사와 본당 개축 공사비 조성에 나섰다.

2003년 9월 16일 김득권 굴리엘모 신부가 제4대 주임으로 부임하여 성당 전반적 보수 개조공사와 함께 구역 가족들의 모임인 <우정의 모임>을 통해 친교와 소공동체 활성화를 적극 도모하였다.

•2006년  2월14일 김홍진 사도요한 신부가 제5대 주임으로 부임하여 사랑의 도시락, 우리농, 효경대학, 시온 소망회 미사 등 사회사목 활성화에 교우들의 참여를 확대하였다.

2011년 2월 22일 이해욱 프란치스코 신부가 제6대 주임으로 부임하여 모든 신자들이 하느님의 뜻대로 살아가는 내맡김의 영성화를 위해 사목 활동을 하고 있다.

2012년 2월 21일 염수완 야고보신부가 제7대 주임으로 부임하여 “새로운 시대, 새로운 복음화” 교구 방침에 맞추어 믿음을 키우는 신앙인으로 “성경 봉독과 권고와 가르침에 열중하십시오.”(1티모 4,13) 성경 말씀의 역점을 신구약 성경 필사하여 제본까지 하시어 말씀과 믿음으로 함께 하였다.

2016년 8월 29일 이철호 암브로시오 신부가 제8대 주임으로 부임하여 위례 성당 승격을 위한 기금 모금 등 아낌없는 지원에 앞장 섰으며 문정동 성당 30주년 기념행사를 역대 주임신부, 부주임 신부들을 모시고 성대하게 했다.

2020년 9월 1일 박선용 요셉 신부가 제9대 주임으로 부임하여 코로나 미사 중단 기간동안 임에도 불구하고 모든 신자들을 위해 본당의 안정적인 운영을 위한 사목활동에 집중하였다.